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Il boot loader o boot manager è il meccanismo di avvio del sistema operativo e si compone del MBP e del SBP (v. fig. 2.2). Il cuore del boot loader è il MBP che carica il SBP, il quale permette di scegliere il sistema operativo (la partizione) da avviare e quindi lo avvia.
Tra i boot loader in grado di far avviare un sistema GNU/Linux, i più diffusi sono GRUB, LILO, LOADLIN e SYSLINUX. In genere, tali boot loader fanno riferimento alla directory /boot che, per quanto illustrato precedentemente, è opportuno che risieda in una partizione del disco rigido contenuta entro il 1024o cilindro.